در دورهای که تصوف، خود را به تشیع منتسب ساخته و هرجایی عَلَمی برای رواج تصوف و فلسفه افراشته شده بود، این علامه مجلسی بود که میان مکتب ناب تشیع و مکتب عرفان جدایی و فاصله انداخت و شیعه را از صوفیه منفصل ساخت. از برکات وجود ایشان خانقاهها تعطیل گشت و کُرسی درسِ دین رواج یافت.
ایشان بود که یقینیاتِ مذهب را جایگزین اوهامِ عارفان و فلاسفه نمود. لذا بسیار مورد طعن و اتهام واقع گشت تا جاییکه هر بیسوادی که الفبای دین را هم بلد نبود، دهان به جسارت به این علامه کمنظیر گشود. هرچند این موضوع تازگی ندارد، چه آنکه به معصومین علیهم السلام نیز طعن و اتهام وارد میکردهاند، دیگر تکلیف شاگردان و خادمان آن انوار الهی روشن است.
علامهٔ مجلسی رحمت الله علیه : «در هیچ صفحهای از صفحات مثنوی مولوی نیست که اشاره به جبر، یا وحدت وجود یا سقوط عبادات یا غیر اینها از اعتقادات فاسده نکرده باشد.»